धारा 54ख के तहत करदाता द्वारा दावा की गई छूट निम्नलिखित परिस्थितियों में वापस ली जा सकती है क) 3 वर्ष के भीतर नई कृषि भूमि का हस्तांतरण यदि कोई करदाता धारा 54ख के तहत छूट का दावा करने के लिए नई कृषि भूमि खरीदता है और बाद में अधिग्रहण की तारीख से 3 वर्ष की अवधि के भीतर नई कृषि भूमि को स्थानांतरित करता है, तो धारा 54ख के तहत दिया गया लाभ वापस ले लिया जाएगा। यदि कृषि भूमि को उसकी खरीद की तारीख से 3 वर्ष की अवधि के भीतर बेचा जाता है, तो नई कृषि भूमि के हस्तांतरण पर होने वाले पूंजीगत लाभ की गणना के समय, धारा 54ख के तहत छूट के रूप में दावा किए गए पूंजीगत लाभ की राशि नई कृषि भूमि के अधिग्रहण की लागत से काट ली जाएगी। ख) पूंजीगत लाभ योजना खाते में जमा राशि का निर्धारित समय सीमा में उपयोग नहीं किया जाता है जहां पूंजीगत लाभ योजना खाते में जमा राशि का उपयोग हस्तांतरण की तारीख से 2 वर्षों के भीतर कृषि भूमि खरीदने के लिए नहीं किया जाता है, वहां अप्रयुक्त जमा को उस प्रासंगिक पिछले वर्ष का दीर्घकालिक पूंजीगत लाभ माना जाता है जिसमें 2 वर्ष की समय-सीमा समाप्त हो जाती है।